受け入れた汚泥等の水分を調整するため、受入物同士の混合や種菌（発酵の進んだ肥料）を加え、発酵環境を整えます。

発酵を促すため、槽下部から空気を送り込む「エアレーション」を行います。

冬季には灯油を焚いて原料内部を加温し、微生物が活動しやすくします。

完熟した肥料へ
1次発酵槽から半完成品状態で移し替え、完熟肥料として発酵を完了させます。水分が盛んに蒸発して、原料内部の温度が上昇します。
臭気を効率良く処理するため、各槽をビニール等で区切り、脱臭装置へ送気します。

廃酸の受け入れ
原料中の水分を調整し、発酵環境を整えるための助材として廃酸を受け入れます。
液状化した廃棄物は廃酸受入槽に受け入れ、整菌室で堆肥の熟成に使われます。

完熟堆肥は整菌室で養生保管
2次発酵槽から整菌棟に送り、エアレーションや冬季加温も行いながら、さらに30日から60日かけて発酵を進めます。
完熟した堆肥は整菌室で養生保管され、5槽15列のなかで【未熟な原料】と【熟した原料】をかき混ぜ（切り返し）少しずつ最終の槽まで送っていきます。